1. PRATIQUE UTILISÉE HABITUELLEMENT

Les méthodes standardisées (ISO, AFNOR, etc.) pour la détection de micro-organismes dans les aliments sont habituellement considérées comme des méthodes classiques, en grande partie parce que l’objectif est de fournir une méthode fiable et reconnue au niveau international qui permette d’obtenir des résultats équivalents dans différents laboratoires, sans utiliser exclusivement les matériaux d’une seule maison. Bien qu’en principe les méthodes standardisées ne servent que de guide pour l’analyse microbiologique des denrées alimentaires, historiquement, les gouvernements de nombreux pays et les sociétés commerciales les recommandaient ou même les acceptaient comme étant les méthodes officielles de détection et dénombrement de micro-organismes dans les aliments. Dès lors, elles ont été considérées comme des « méthodes de référence ». Cependant, au cours des dernières années, de nombreuses méthodes alternatives pour la détection et le dénombrement de micro-organismes dans les aliments ont été développées, suite aux avancées en immunologie, biotechnologie et instrumentation.

2. DESCRIPTION TECHNIQUE DE LA BONNE PRATIQUE

Quand les micro-organismes contaminent les aliments ou les boissons, les méthodes standards sont employées pour quantifier, détecter ou identifier le nombre et le type de micro-organismes présents. Plusieurs raisons justifient l’importance des méthodes rapides. La détection rapide et fiable de la contamination microbienne est fondamentale pour la gestion de la qualité des aliments. Avec la demande croissante d’optimisation de la fabrication et les tests de contrôle de qualité des procédés alimentaires, les méthodes microbiologiques rapides sont employées afin d’analyser les échantillons prélevés dans l’environnement, sur les matières premières, dans les produits intermédiaires, au cours des procédés et dans les produits finis.

Parmi les méthodes rapides de microbiologie alimentaire, on utilise des techniques microbiologiques, chimiques, biochimiques, biophysiques, génétiques, immunologiques et sérologiques pour étudier et améliorer les techniques d’isolement, de détection précoce, de caractérisation et de dénombrement de micro-organismes et de leurs produits, présents aussi bien dans les prélèvements alimentaires que dans les prélèvements industriels ou environnementaux. Voici quelques exemples de méthodes rapides :

• Système de prélèvement de surface : écouvillons (PathCheck, Protec, etc.), languettes de cultures. Préleveurs d’air.
• Systèmes de dénombrement et/ou estimation de micro-organismes viables et indicateurs de dénombrement avec Petrifilm, NeoGrid, Simplate, Colitrack, etc.
• Systèmes basés sur des techniques électriques (Bactometer, Malthus, Bactrace, RABIT), colorimétriques (BactAlert, Omnispect, BioSys, Microfoss), microscopiques (fluorescence directe), cytométrie en flux (D-Count, Bactiflow, Chemscan RDI, BactoCount) et ATP-métrie par bioluminescence.
• Systèmes miniatures et/ou automatisés d’identification biochimique : enterotube, API, BBL, Crystal, microID, RapID, etc.
• Milieux de culture chromogènes et fluorogénique pour le dénombrement et/ou isolement de micro-organismes.
• Méthodes immunologiques : agglutination au latex (passive et passive inversée), inmunobande (1-2test), inmunochromatographie, méthodes immuno-enzymatiques (ELISA, EIA, etc.), immunofluorescence, inmunocroissance (système Unique), inmunocapture (dynalbeads, pathatrix) et systèmes immunologiques combinés avec des moléculaires (PCR-ELISA, Inmuno-PCR).
• Méthodes génotypiques fondées sur l’hybridation d’acides nucléiques (GenQuence, système VIT, Accuprobe, etc.), puces à ADN (FoodExpert) et méthodes fondées sur l’amplification d’acides nucléiques : PCR en temps réel (système A-BAX, LightCycler kits, etc.), NASBA (NucliSensEasyQEnterovirus) et génotypage de souches (Riboprinter).

Avantages

• Il s’agit de méthodes rapides qui permettent de traiter un grand nombre d’échantillons à la fois. Elles sont en général faciles à utiliser et même, dans certains cas, automatisées. Elles présentent normalement des limites de détection basses et sont la plupart du temps d’une grande exactitude (sensibilité et spécificité). Elles permettent ainsi des prises de décisions rapides et la prompte application de mesures correctrices. Dans la plupart des cas, elles contribuent en outre à économiser du matériel et des heures de travail.

Inconvénients

• Parfois, un investissement de départ est nécessaire (équipement) ; en général, une confirmation doit être effectuée ; il est rare que la lecture des résultats présente des difficultés ; enfin, ces derniers ne sont pas toujours valables auprès de l’administration officielle chargée du contrôle des aliments, même si de plus en plus de méthodes sont validées par des organismes indépendants.

3. BENCHMARKING (avantages comparatifs)

Avantages comparatifs économiques

• Même si pour certaines méthodes un investissement de départ est nécessaire (équipements spécifiques), à moyen-long terme ces techniques comportent des avantages économiques grâce à la rapidité de l’exécution et au grand nombre d’échantillons traités. L’utilisation de systèmes miniatures, la simplicité de leur fonctionnement et la capacité d’automatisation permettent que certaines de ces tâches soit effectuées par du personnel non spécialisé.

Avantages comparatifs environnementaux

• La plupart du temps, ces méthodes sont miniaturisées de sorte que les déchets générés sont très inférieurs aux méthodes de référence.

Avantages comparatifs sociaux

• L’application de ces technologies permet d’améliorer la sécurité alimentaire aussi bien des produits frais que des produits transformés.